Особым помещением Музейно-выставочного комплекса является «Музей истории», в котором расположены три постоянные экспозиции:
- экспозиция «Философия общего дела», которая раскрывает историю создания Академии, формирования её образовательной концепции, архитектурного образа; знакомит с теми людьми, для которых создание уникального проекта Академии Святителя Алексия стало поистине общим делом;
- выставка народного костюма «Минувших дней очарованье», в рамках которой можно познакомиться с костюмами жителей Ставрополя-на-Волге конца XIX-начала XX, созданными по итогам этнографических экспедиций совместно со специалистами Самарского института культуры;
- экспозиция предметов была представителей различных сословий конца XIX-начала XX, проживающих на территории Самарской области.
Открытие Музейно-выставочного комплекса Академии стало логическим продолжением и развитием традиций музейно-краеведческой работы. Все начиналось с музея традиционной народной культуры «Русская изба», который был открыт в 2002 году в Тольяттинской классической гимназии. Это детище замечательного увлеченного человека, краеведа Майи Николаевны Николаевой, которая собирала экспонаты для музея уже много лет в селах Ставропольского района и других регионов страны. На данный момент хранителем музея «Русская изба» является преподаватель гимназии Ирина Леодиновна Федоринова.
В Академии ведётся активная экскурсионная и выставочная деятельность, проводятся различные культурные акции и тематические мероприятий, организована музейная лавка, налажена работа со студентами в рамках внеучебных проектов «Экспозиционный дизайн и выставочная деятельность» и «Экскурсионная и туристко-краеведческая деятельность».
Музейно-выставочный комплекс Академии открыл свои двери в новых необыкновенно красивых, почти дворцовых, интерьерах. Сотрудники Музейно-выставочного комплекса стараются, чтобы это пространство для посетителей наполнялось яркими событиями и встречами. В нем в полной мере реализовывается идея, выраженная в девизе Музейно-выставочного комплекса: «От лица – к лицу, от поколения – к поколению».